Il museo presenta alcune sale riservate all'illustrazione di temi specifici quali, ad esempio, il Concilio di Trento, l'iconografia della città, la storia della diocesi e della cattedrale di S.Vigilio: le opere esposte in tali ambienti appaiono dunque slegate dagli altri contesti espositivi, essendo utilizzate esclusivamente in funzione dell'illustrazione dell'argomento trattato.